Về cơ bản, địa giới hành chính Giao châu thời Nam Bắc triều như thời Lưỡng Tấn, có điều chỉnh ít qua các triều đại.

Thời Lưu Tống (420-479)

• Quận Giao Chỉ: được tách ra một phần để lập quận Tống Bình, gồm các huyện: Long Biên, Câu Lậu, Vọng Hải, Luy Lâu, Tây Vu, Vũ Ninh, Chu Diên, Khúc Dương, Giao Hưng, An Định, Nam Định, Hải Bình (Tống thư không chép hai huyện Bắc Đái, Kê Từ của thời thuộc Tấn[16]).
• Quận Tống Bình: được tách ra từ một phần huyện Long Biên thuộc quận Giao Chỉ đời Tấn mà đặt thêm. Tống Bình gồm 3 huyện: Quốc Xương, Nghĩa Hoài, Tuy Ninh. Vị trí được xác định là phía nam sông Hồng và sông Đuống, gồm trung tâm Hà Nội và các huyện Hoài Đức, Thường Tín (Hà Nội), Thuận Thành (Bắc Ninh), Khoái Châu (Hưng Yên).
• Quận Tân Xương: theo Đào Duy Anh thì Tống thư bỏ sót quận này[17].
• Quận Vũ Bình: theo Đào Duy Anh thì Tống thư chỉ chép gồm 3 huyện là Ngô Định, Tân Đạo, Tân Hóa, có thể các huyện khác bị bỏ sót[16].
• Đặt quận Nghĩa Xương, nhưng theo Đào Duy Anh thì Tống thư không chép số huyện của quận này[18].
• Quận Cửu Chân: ngoài các huyện thời thuộc Tấn, nhà Lưu Tống đặt thêm các huyện Quân An, Vũ Ninh, Ninh Di. Như vậy các huyện thuộc Cửu Chân cuối thời thuộc Lưu Tống gồm: Tư Phố, Di Phong, Trạm Ngô, Kiến Sơ, Thường Lạc, Cao An, Phù Lạc, Tùng Nguyên, Quân An, Vũ Ninh, Đô Lung, Ninh Di.
• Quận Cửu Đức: ngoài các huyện thời thuộc Tấn, đặt thêm các huyện Tống Thái, Tống Xương, Hy Bình (cuối đời Lưu Tống) và nhập huyện Dương Toại vào huyện Phố Dương. Như vậy các huyện thuộc Cửu Đức cuối thời thuộc Lưu Tống gồm: Cửu Đức, Hàm Hoan, Nam Lăng, Phố Dương, Tây An, Phù Linh, Khúc Tư, Đô Hào, Tống Thái, Tống Xương, Hy Bình.
• Quận Nhật Nam: như thời thuộc Tấn.

Thời Nam Tề (479-502)

• Quận Giao Chỉ: gồm các huyện: Long Biên, Câu Lậu, Vọng Hải, Luy Lâu, Tây Vu, Vũ Ninh, Chu Diên, Khúc Dương, An Định, Nam Định, Hải Bình (Nam Tề thư không chép 3 huyện Giao Hưng, Bắc Đái, Kê Từ của thời thuộc Tấn[18]).
• Quận Tống Bình: gồm các huyện: Quốc Xương, Nghĩa Hoài, Tuy Ninh như thời Lưu Tống.
• Quận Vũ Bình: so với thời Tấn thì Nam Tề thư không chép 4 huyện Vũ Ninh, Tiến Sơn, Yên Vũ, Phù Yên mà có thêm 3 huyện mới là Vũ Định, Bình Đại và Nam Di. Như vậy Vũ Bình thời thuộc Nam Tề gồm các huyện Vũ Hưng, Căn Ninh, Vũ Định, Phong Khê, Bình Đại, Nam Di.
• Quận Tân Xương so với thời Tấn bỏ huyện Mê Linh, đặt huyện Phạm Tin và có 3 huyện thuộc quận Vũ Bình thời Tống là Ngô Định, Tân Đạo, Tân Hóa. Các huyện thuộc Tân Xương gồm: Phạm Tín, Gia Hưng, Ngô Định, Phong Sơn, Lâm Tây, Tây Đạo, Tân Đạo, Tân Hóa.
• Quận Cửu Chân: bỏ huyện Ninh Di, thay huyện Đô Lung bằng huyện Cát Lung. Như vậy Cửu Chân gồm các huyện: Tư Phố, Di Phong, Trạm Ngô, Kiến Sơ, Thường Lạc, Cao An, Phù Lạc, Tùng Nguyên, Quân An, Vũ Ninh, Cát Lung.
• Quận Cửu Đức: bớt đi các huyện Tống Thái, Tống Xương, Hy Bình thời Tống; như vậy Cửu Đức gồm các huyện: Cửu Đức, Hàm Hoan, Nam Lăng, Phố Dương, Tây An, Phù Linh, Khúc Tư, Đô Hào.
• Quận Nhật Nam thì các huyện như thời thuộc Lưu Tống.

Thời Lương

Lương Vũ Đế cải cách hành chính trong nước, chia đất đặt thêm nhiều châu nhỏ[19]. Theo sách Thái Bình hoàn vũ ký của Nhạc Sử thời Tống thì các quận thuộc Giao châu thay đổi như sau:

• Chia quận Giao Chỉ đặt ra Hoàng châu và quận Ninh Hải gồm 3 huyện An Bình, Hải Bình, Ngọc Sơn
• Lấy quận Cửu Chân lập ra Ái châu
• Lấy quận Nhật Nam đặt ra Đức châu, Lợi châu và Minh châu. "Quận Nhật Nam" là cách gọi thời thuộc Tùy sau này (Thái Bình hoàn vũ ký viết vào thời nhà Tống), thời thuộc Tề, Lương là quận Cửu Đức (xem Hành chính Việt Nam thời Bắc thuộc lần 3). Địa giới cực nam thời thuộc Lương chỉ đến Cửu Đức (giới hạn tương đương cuối tỉnh Hà Tĩnh), phía nam Hoành Sơn đã bị Lâm Ấp xâm lấn, sau này sang đầu thế kỷ 7, nhà Tùy mới chiếm lại để đặt châu, quận trở lại[20].